Uutiset:

Ilmoitustaulu mahdollisten ongelmien varalta (wikimedia.org / Etherpad)

Sähköpostia ylläpidolle: kantapaikanherra (at) gmail.com

Main Menu

Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa

Aloittaja Aave, maaliskuu 29, 2020, 14:12:54

« edellinen - seuraava »

0 Jäsenet ja 1 Vieras katselee tätä aihetta.

Aave

Perustin ketjun koska erilaiset tutkimukset, tilanneseurantatyökalut ja tilastointimenetelmät hukkuvat virusketjun vilinään. Tässä avausviestissä on lisättynä heti alkuun tärkeimmät ja vallitsevan hetken parhaat vastaan tulleet työkalut, joita on julkisesti tarjolla. Niissä kaikissa on väkisin puutteita, koska viruksen kantajien/sairastuneiden testaus ja tilastointi on puutteellista. "Näillä mennään" -periaate sopii tässä hyvin. Jatkossa tulen lisäämään ja poistamaan tästä avausviestistä linkkejä sitä mukaa, kun mahdollisia uusia ja parempia tulee tilalle. Ilmoitan uusista lisäyksistä erikseen. Mikäli joku teistä löytää jotain pätevää matskua niin laittakaa linkki, ja lisään sen tähän avausviestiin.

Pyydän, että keskustelu tässä ketjussa rajoittuisi minimiin. Kirjoitetaan tänne vain, jos on näihin liittyvää asiaa. Tämä on ennen kaikkea tutkimuksellisen tiedon koosteketju; käytetyistä menetelmistä tehdyt huomiot ja kiistat ovat tervetulleita - mutta pysytään asiassa.

Parasta, mitä tällä hetkellä on tarjota:

pandemia.fi.  Monipuolinen koostesivusto, fokus Suomen tilanteessa.
Varmistetut koronatapaukset Suomessa (Kotimainen tilastointisivusto).
koronakartta.info. Tilanteen alueellista jakautumista Suomessa koostava kartta.
covidly.com. Paras vastaan tullut tilastollinen seurantatyökalu. Tämän avulla pystyy vertailemaan eri maita monipuolisesti (Graafien yläpuolella "Show advanced settings).
Coronavirus Tracker. Tässäkin runsaasti muokkausmahdollisuuksia, ja vertailumahdollisuuksia niin maittain, kuin niiden sisällä.
The Lancetin päiväkohtainen arkisto.
LitCovid. Kuratoitu, jatkuvasti päivitetty ja helppo hakutyökalu alan tutkimukseen, tietokantana PubMed.
Simulating an epidemic. Paras vastaani tullut valistusvideo viruksen leviämisen simuloinnista (Youtube). Englanniksi; kesto 23 minuuttia, mutta katsomisen arvoinen.
Pikalinkki Ruotsin tilanneseurantaan.
"...Did they get you to trade your heroes for ghosts?" - David Gilmour
Stasik - Lullaby For The
Enemy

Aave

Hyvä Twitter-ketju, jossa epidemiologi Emma Hodcroft selittää eri maiden vaihtelevia kuolleisuuslukuja.

The many estimates of the COVID-19 case fatality rate (Lancet).

"...Did they get you to trade your heroes for ghosts?" - David Gilmour
Stasik - Lullaby For The
Enemy

Norma Bates

https://www.thelancet.com/coronavirus

The Lancet -lehden arkisto kaikista koronaa koskevista lehden artikkeleista. Uusin artikkeli ylimpänä.

Aave

#3
Hyvä lisäys, Norma Bates! Sivusto lisätty avauskirjoitukseen.

Tässä on vielä vertaisarvioimaton tutkimus siitä, miten virus menestyy erilaisissa ilmasto-olosuhteissa:

Stability of SARS-CoV-2 in different environmental conditions.

Pohjoisen pallonpuoliskon osalta vaikuttaisi tutkimuksen mukaan siltä, että viruksella on hyvät mahdollisuudet taas voimistua syksyn saadessa. Pikaisesti lukemalla:

+4 Celsiusastetta: Virus on jäljitettävissä (Ja leviää tehokkaasti) 14 päivän ajan.
+22 Celsiusastetta: Virus menettää edellisestä puolet jäljitettävyydestään ja elinkaarestaan (Seitsemän päivää).
+37 Celsiusastetta: Virus tuhoutuisi päivässä.

Korkean ilmankosteuden vaikutuksen osalta tarvitaan lisää dataa. Tiedetään, että virus pärjää hyvin, jos on samanaikaisesti kuumaa, mutta kosteaa. Tältä osin asia ei ole Suomen osalta oleellista, vaan se on enemmän läntisen pallonpuoliskon ongelma.
"...Did they get you to trade your heroes for ghosts?" - David Gilmour
Stasik - Lullaby For The
Enemy

Aave

Osmo Soininvaaralla (Hän on myös tilastotieteilijä) oli viime perjantaina hyvä, kansantajuistettu blogikirjoitus asiaan liittyvistä tilastoista:

Tilastotieteilijä ihmettelee koronatilastoja.

Kannattaa lukea se, jos ei osaa tulkita tilastoja. Kirjoituksen lopussa on myös pari hyvää linkkiä muihin asiaa koskeviin kirjoituksiinsa, yhteiskunnan toiminnan näkökulmasta.

Luotettavintahan data on nyt vain kuolleisuuden suhteen. THL:n tilastoraportointi (Linkki siihenkin avauskirjoituksessa) päivittyy ilmoituksen mukaan "muutaman päivän välein", eikä sekään ole testaamisen puutteen vuoksi kaikilta osin tarkkaa. Tarkempia lukuja ja estimaatteja saadaan aina viiveellä.
"...Did they get you to trade your heroes for ghosts?" - David Gilmour
Stasik - Lullaby For The
Enemy

Brutto

Suomen koronakuolemat noudattelevat harvinaisen puhdasta matemaattista sarjaa, jossa päivittäisten kuolemantapausten määrä on vakio.: 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13,...

Erikoista myös on, että sarja kasvaa lineaarisesti eikä eksponentiaalisesti kuten muualla.

"I watched a snail crawl along the edge of a straight razor. That's my dream. That's my nightmare: crawling, slithering, along the edge of a straight razor and surviving."

Vaaraton Norsu

Minusta hyvin visualisoituja ja selkeästi selitettyjä videoita liittyen epidemioiden leviämiseen. 

Epidemioiden simulaatioita ja erilaisten skenaarioiden vertailua. Ei matematiikkaa.

Simulating an epidemic

Epidemioiden leviämisnopeudesta ja siihen vaikuttavista tekijöistä. Jonkin verran matematiikkaa.

Exponential growth and epidemics

Jälkimmäisessä taisi olla valittavissa suomenkieliset tekstit.

kertsi

#7
Muun muassa Suomen hallituksen linjaukset:
Tietoa ja neuvontaa koronaviruksesta (Valtioneuvosto)
Usein kysytyt kysymykset (Valtioneuvosto)
Tyrkyllä merkkejä kopioitavaksi: ❤️😀🙂🐵🐒🦄🕊️☘️🌿😍🤪🤕🥴😵 👍✌️

kertsi

Tyrkyllä merkkejä kopioitavaksi: ❤️😀🙂🐵🐒🦄🕊️☘️🌿😍🤪🤕🥴😵 👍✌️

kertsi

Tyrkyllä merkkejä kopioitavaksi: ❤️😀🙂🐵🐒🦄🕊️☘️🌿😍🤪🤕🥴😵 👍✌️

kertsi

Get the latest public health information from CDC: https://www.coronavirus.gov .
Get the latest research from NIH: https://www.nih.gov/coronavirus .

NIH lienee yhdystavaltalainen THL:ää vastaava taho.
CDC on yhdysvaltalainen tartuntatautien kontrollointiin ja ehkäisyyn keskittyvä virasto.
Tyrkyllä merkkejä kopioitavaksi: ❤️😀🙂🐵🐒🦄🕊️☘️🌿😍🤪🤕🥴😵 👍✌️

kertsi

#11
PubMed on paikka, mistä löytää valtaisan määrän tutkimuksia.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/

Google-haulla pubmed covid-19 löytyy 90,6 miljoonaa osumaa, ja haulla pubmed sars-cov-2 liki 24 miljoonaa osumaa.

(luotettampaa tietoa löytää, jos haun rajoittaa katsausartikkeleihin, esim pubmed covid-19 review, ja google haun voi myös rajoittaa esim. viimeisen kuukauden tai viikon aikana julkaistuihin. Myös PubMedin sisällä on hakutoiminto, jolla voi mm. rajata haun vain suosituksiin. En tarkistanut, olisiko vielä mitään (käypä hoito) suosituksia olemassa.)

Tässä PubMedin oma koronasaitti: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/about/covid-19/
Tyrkyllä merkkejä kopioitavaksi: ❤️😀🙂🐵🐒🦄🕊️☘️🌿😍🤪🤕🥴😵 👍✌️

Aave

LitCovid lisätty avauskirjoituksen listaan:

"LitCovid is a curated literature hub for tracking up-to-date scientific information about the 2019 novel Coronavirus. It is the most comprehensive resource on the subject, providing a central access to 2170 (and growing) relevant articles in PubMed. The articles are updated daily and are further categorized by different research topics and geographic locations for improved access. You can read more at Chen et al. Nature (2020) and download our data in TSV or RIS format".
"...Did they get you to trade your heroes for ghosts?" - David Gilmour
Stasik - Lullaby For The
Enemy

Aave

#13
Pohjoismaiden ohella Suomea voisi jatkossa vertailla Minnesotan osavaltion kanssa. Yhtäläisyyksiä on sen kanssa ehkä parhaiten:

- Samantyyppinen ilmasto
- Väkiluku 5,7 miljoonaa
- Siellä suljettiin koulut samana päivänä, kuin Suomessa (18.03)
- Eilen 629 Varmistettua tartuntaa, Suomessa 1384
- Ensimmäinen koronaan kuollut 21.03, Suomessa 20.03
- 12 Kuollutta vs. 17 kuollutta Suomessa
- Lähtötilanne 355 tehohoitopaikkaa vs. 300 tehohoitopaikkaa
- 5000 Sairaalapaikkaa, Suomessa 11 000
- Tehtyjen testien määrä n. 19 870, Suomessa n. 24 200

Ennustavat Minnesotaan viruksen ensimmäisessä aallossa - olettaen, että nykyrajoituksia noudatetaan koko aallon ajan - 1061(440 parhaassa tapauksessa  vs. 3574 huonoin) kuollutta. Kuolinhuippu olisi 23.04.2020, 38 (vaihteluvälillä 17-105) kuollutta päivässä.

Tässä linkissä pystyy tekemään vertailua osavaltiokohtaisesti.

Pitää vielä jossain vaiheessa kaivaa tähän rinnakkain Minnesotan väestöntiheys ja demografia, ja vertailla niitäkin Suomen kanssa.


Lisäys: Aineisto on melko vertailukelpoista noidenkin osalta - Suomen ja Minnesotan väestöntiheys on samankaltaista. Minnesotassa iän mediaani on viisi vuotta matalampi kuin Suomessa (Minnesota 37.9 vuotta, Suomi 42.9 vuotta).
"...Did they get you to trade your heroes for ghosts?" - David Gilmour
Stasik - Lullaby For The
Enemy

a4

3.4. klo 10.08 Google julkaisee liikkumista kuvaavia tietoja, mukana myös Suomi
Google alkaa tänään julkaista tietoja, joilla voidaan tutkia koronapandemian torjumiseksi annettujen sosiaalisen eristäytymisen määräysten toteutumista ja kansalaisten liikkumista.

Aggregoituja ja anonyymeja tietoja julkistetaan 131 maasta eriyisellä sivustolla. Pääset sivustolle tästä.(siirryt toiseen palveluun)

Mukana on myös liikkumistrendejä Suomesta. Raportista näkee, että työpaikoilla oleskelu oli vähentynyt maaliskuun lopussa noin neljänneksen verrattuna tammi-helmikuun mediaaniin. Puistoissa oleskelu taas oli lisääntynyt huikeat 48 prosenttia.

Tiedoissa ei ole yksilöön johdettavissa olevia yksityiskohtia ja kansalaisten yksityisyyttä kunnioitetaan.

Tietojen perusteella voidaan tutkia liikkumista eri alueilla ja eri aikoina. Sivustolla näkyy prosenttimuutoksia eri paikkojen - esimerkiksi puistojen, kauppojen, työpaikkojen ja asuinalueiden - kävijämäärissä, ei tarkkoina lukuina.

Google toivoo, että tiedoista on apua pandemian torjuntaa koskevien päätösten teossa.

– Tämä informaatio saattaa auttaa viranomaisia ymmärtämään muutoksia välttämättömässä liikkumisessa. Niiden avulla voidaan muokata suosituksia avoinnaoloaikoihin tai tavarantoimituksiin, sanoo Google Mapsin johtajan, Jen Fitzpatrickin ja yhtiön terveyspalveluiden johtajan Karen DeSalvon allekirjoittama viesti yhtiön sivuilla,

Lähde: Reuters, BBC

https://yle.fi/uutiset/3-11212596

Google COVID-19 Community Mobility Reports