kantapaikka.net

Yleiset => Tiede => Aiheen aloitti: Aave - maaliskuu 29, 2020, 14:12:54

Otsikko: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Aave - maaliskuu 29, 2020, 14:12:54
Perustin ketjun koska erilaiset tutkimukset, tilanneseurantatyökalut ja tilastointimenetelmät hukkuvat virusketjun vilinään. Tässä avausviestissä on lisättynä heti alkuun tärkeimmät ja vallitsevan hetken parhaat vastaan tulleet työkalut, joita on julkisesti tarjolla. Niissä kaikissa on väkisin puutteita, koska viruksen kantajien/sairastuneiden testaus ja tilastointi on puutteellista. "Näillä mennään" -periaate sopii tässä hyvin. Jatkossa tulen lisäämään ja poistamaan tästä avausviestistä linkkejä sitä mukaa, kun mahdollisia uusia ja parempia tulee tilalle. Ilmoitan uusista lisäyksistä erikseen. Mikäli joku teistä löytää jotain pätevää matskua niin laittakaa linkki, ja lisään sen tähän avausviestiin.

Pyydän, että keskustelu tässä ketjussa rajoittuisi minimiin. Kirjoitetaan tänne vain, jos on näihin liittyvää asiaa. Tämä on ennen kaikkea tutkimuksellisen tiedon koosteketju; käytetyistä menetelmistä tehdyt huomiot ja kiistat ovat tervetulleita - mutta pysytään asiassa.

Parasta, mitä tällä hetkellä on tarjota:

pandemia.fi (https://www.pandemia.fi/).  Monipuolinen koostesivusto, fokus Suomen tilanteessa.
Varmistetut koronatapaukset Suomessa (https://experience.arcgis.com/experience/d40b2aaf08be4b9c8ec38de30b714f26) (Kotimainen tilastointisivusto).
koronakartta.info (https://koronakartta.info/). Tilanteen alueellista jakautumista Suomessa koostava kartta.
covidly.com (https://covidly.com/graph). Paras vastaan tullut tilastollinen seurantatyökalu. Tämän avulla pystyy vertailemaan eri maita monipuolisesti (Graafien yläpuolella "Show advanced settings).
Coronavirus Tracker (https://coronavirus.arik.io/#/?countries=FI,US&showCases=true&showDeaths=true&showRecoveries=true&axes=joint&scale=linear&derivative=false&regression=none&modelOffset=0&extrapolationSize=5&mapDataSource=cases&mapDataReference=relative%3Apopulation&mapScope=World&comparisonMode=false&comparisonDataType=cases&derivativeType=absolute&relationType=relative). Tässäkin runsaasti muokkausmahdollisuuksia, ja vertailumahdollisuuksia niin maittain, kuin niiden sisällä.
The Lancetin päiväkohtainen arkisto (https://www.thelancet.com/coronavirus).
LitCovid (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/coronavirus/). Kuratoitu, jatkuvasti päivitetty ja helppo hakutyökalu alan tutkimukseen, tietokantana PubMed.
Simulating an epidemic (https://www.youtube.com/watch?v=gxAaO2rsdIs&feature=youtu.be). Paras vastaani tullut valistusvideo viruksen leviämisen simuloinnista (Youtube). Englanniksi; kesto 23 minuuttia, mutta katsomisen arvoinen.
Pikalinkki Ruotsin tilanneseurantaan. (https://experience.arcgis.com/experience/09f821667ce64bf7be6f9f87457ed9aa)
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Aave - maaliskuu 29, 2020, 16:03:36
Hyvä Twitter-ketju (https://twitter.com/firefoxx66/status/1243870730716094464), jossa epidemiologi Emma Hodcroft selittää eri maiden vaihtelevia kuolleisuuslukuja.

The many estimates of the COVID-19 case fatality rate (https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(20)30244-9/fulltext?rss=yes) (Lancet).

Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Norma Bates - maaliskuu 29, 2020, 22:41:13
https://www.thelancet.com/coronavirus

The Lancet -lehden arkisto kaikista koronaa koskevista lehden artikkeleista. Uusin artikkeli ylimpänä.
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Aave - maaliskuu 30, 2020, 12:26:21
Hyvä lisäys, Norma Bates! Sivusto lisätty avauskirjoitukseen.

Tässä on vielä vertaisarvioimaton tutkimus siitä, miten virus menestyy erilaisissa ilmasto-olosuhteissa:

Stability of SARS-CoV-2 in different environmental conditions (https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.15.20036673v2).

Pohjoisen pallonpuoliskon osalta vaikuttaisi tutkimuksen mukaan siltä, että viruksella on hyvät mahdollisuudet taas voimistua syksyn saadessa. Pikaisesti lukemalla:

+4 Celsiusastetta: Virus on jäljitettävissä (Ja leviää tehokkaasti) 14 päivän ajan.
+22 Celsiusastetta: Virus menettää edellisestä puolet jäljitettävyydestään ja elinkaarestaan (Seitsemän päivää).
+37 Celsiusastetta: Virus tuhoutuisi päivässä.

Korkean ilmankosteuden vaikutuksen osalta tarvitaan lisää dataa. Tiedetään, että virus pärjää hyvin, jos on samanaikaisesti kuumaa, mutta kosteaa. Tältä osin asia ei ole Suomen osalta oleellista, vaan se on enemmän läntisen pallonpuoliskon ongelma.
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Aave - maaliskuu 30, 2020, 12:49:03
Osmo Soininvaaralla (Hän on myös tilastotieteilijä) oli viime perjantaina hyvä, kansantajuistettu blogikirjoitus asiaan liittyvistä tilastoista:

Tilastotieteilijä ihmettelee koronatilastoja (https://www.soininvaara.fi/2020/03/27/tilastotieteilija-ihmettelee-koronatilastoja/).

Kannattaa lukea se, jos ei osaa tulkita tilastoja. Kirjoituksen lopussa on myös pari hyvää linkkiä muihin asiaa koskeviin kirjoituksiinsa, yhteiskunnan toiminnan näkökulmasta.

Luotettavintahan data on nyt vain kuolleisuuden suhteen. THL:n tilastoraportointi (Linkki siihenkin avauskirjoituksessa) päivittyy ilmoituksen mukaan "muutaman päivän välein", eikä sekään ole testaamisen puutteen vuoksi kaikilta osin tarkkaa. Tarkempia lukuja ja estimaatteja saadaan aina viiveellä.
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Brutto - maaliskuu 30, 2020, 15:32:55
Suomen koronakuolemat noudattelevat harvinaisen puhdasta matemaattista sarjaa, jossa päivittäisten kuolemantapausten määrä on vakio.: 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13,...

Erikoista myös on, että sarja kasvaa lineaarisesti eikä eksponentiaalisesti kuten muualla.

Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Vaaraton Norsu - maaliskuu 30, 2020, 16:10:59
Minusta hyvin visualisoituja ja selkeästi selitettyjä videoita liittyen epidemioiden leviämiseen. 

Epidemioiden simulaatioita ja erilaisten skenaarioiden vertailua. Ei matematiikkaa.
Simulating an epidemic (https://youtu.be/gxAaO2rsdIs)

Epidemioiden leviämisnopeudesta ja siihen vaikuttavista tekijöistä. Jonkin verran matematiikkaa.
Exponential growth and epidemics (https://youtu.be/Kas0tIxDvrg)

Jälkimmäisessä taisi olla valittavissa suomenkieliset tekstit.
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: kertsi - maaliskuu 30, 2020, 17:14:04
Muun muassa Suomen hallituksen linjaukset:
Tietoa ja neuvontaa koronaviruksesta (https://valtioneuvosto.fi/tietoa-koronaviruksesta) (Valtioneuvosto)
Usein kysytyt kysymykset (https://valtioneuvosto.fi/tietoa-koronaviruksesta/usein-kysytyt-kysymykset) (Valtioneuvosto)
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: kertsi - maaliskuu 30, 2020, 17:19:11

Coronavirus Death Toll (https://www.worldometers.info/coronavirus/coronavirus-death-toll/)
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: kertsi - maaliskuu 30, 2020, 17:19:54
Tämän voisi nostaa erikseen, vaikka tähän viitataankin pandemia-fi-sivustolta:
THL-info: https://thl.fi/fi/web/infektiotaudit-ja-rokotukset/ajankohtaista/ajankohtaista-koronaviruksesta-covid-19
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: kertsi - maaliskuu 31, 2020, 15:36:21
Get the latest public health information from CDC: https://www.coronavirus.gov .
Get the latest research from NIH: https://www.nih.gov/coronavirus .

NIH lienee yhdystavaltalainen THL:ää vastaava taho.
CDC on yhdysvaltalainen tartuntatautien kontrollointiin ja ehkäisyyn keskittyvä virasto.
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: kertsi - maaliskuu 31, 2020, 15:39:04
PubMed on paikka, mistä löytää valtaisan määrän tutkimuksia.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/

Google-haulla pubmed covid-19 löytyy 90,6 miljoonaa osumaa, ja haulla pubmed sars-cov-2 liki 24 miljoonaa osumaa.

(luotettampaa tietoa löytää, jos haun rajoittaa katsausartikkeleihin, esim pubmed covid-19 review, ja google haun voi myös rajoittaa esim. viimeisen kuukauden tai viikon aikana julkaistuihin. Myös PubMedin sisällä on hakutoiminto, jolla voi mm. rajata haun vain suosituksiin. En tarkistanut, olisiko vielä mitään (käypä hoito) suosituksia olemassa.)

Tässä PubMedin oma koronasaitti: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/about/covid-19/
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Aave - huhtikuu 01, 2020, 07:46:21
LitCovid (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/coronavirus/) lisätty avauskirjoituksen listaan:

"LitCovid is a curated literature hub for tracking up-to-date scientific information about the 2019 novel Coronavirus. It is the most comprehensive resource on the subject, providing a central access to 2170 (and growing) relevant articles in PubMed. The articles are updated daily and are further categorized by different research topics and geographic locations for improved access. You can read more at Chen et al. Nature (2020) and download our data in TSV or RIS format".
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Aave - huhtikuu 01, 2020, 23:20:51
Pohjoismaiden ohella Suomea voisi jatkossa vertailla Minnesotan osavaltion kanssa. Yhtäläisyyksiä on sen kanssa ehkä parhaiten:

- Samantyyppinen ilmasto
- Väkiluku 5,7 miljoonaa
- Siellä suljettiin koulut samana päivänä, kuin Suomessa (18.03)
- Eilen 629 Varmistettua tartuntaa, Suomessa 1384
- Ensimmäinen koronaan kuollut 21.03, Suomessa 20.03
- 12 Kuollutta vs. 17 kuollutta Suomessa
- Lähtötilanne 355 tehohoitopaikkaa vs. 300 tehohoitopaikkaa
- 5000 Sairaalapaikkaa, Suomessa 11 000
- Tehtyjen testien määrä n. 19 870, Suomessa n. 24 200

Ennustavat Minnesotaan viruksen ensimmäisessä aallossa - olettaen, että nykyrajoituksia noudatetaan koko aallon ajan - 1061(440 parhaassa tapauksessa  vs. 3574 huonoin) kuollutta. Kuolinhuippu olisi 23.04.2020, 38 (vaihteluvälillä 17-105) kuollutta päivässä.

Tässä linkissä (https://covid19.healthdata.org/projections) pystyy tekemään vertailua osavaltiokohtaisesti.

Pitää vielä jossain vaiheessa kaivaa tähän rinnakkain Minnesotan väestöntiheys ja demografia, ja vertailla niitäkin Suomen kanssa.


Lisäys: Aineisto on melko vertailukelpoista noidenkin osalta - Suomen ja Minnesotan väestöntiheys on samankaltaista. Minnesotassa iän mediaani on viisi vuotta matalampi kuin Suomessa (Minnesota 37.9 vuotta, Suomi 42.9 vuotta).
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: a4 - huhtikuu 03, 2020, 19:44:58
3.4. klo 10.08 Google julkaisee liikkumista kuvaavia tietoja, mukana myös Suomi
Google alkaa tänään julkaista tietoja, joilla voidaan tutkia koronapandemian torjumiseksi annettujen sosiaalisen eristäytymisen määräysten toteutumista ja kansalaisten liikkumista.

Aggregoituja ja anonyymeja tietoja julkistetaan 131 maasta eriyisellä sivustolla. Pääset sivustolle tästä.(siirryt toiseen palveluun)

Mukana on myös liikkumistrendejä Suomesta. Raportista näkee, että työpaikoilla oleskelu oli vähentynyt maaliskuun lopussa noin neljänneksen verrattuna tammi-helmikuun mediaaniin. Puistoissa oleskelu taas oli lisääntynyt huikeat 48 prosenttia.

Tiedoissa ei ole yksilöön johdettavissa olevia yksityiskohtia ja kansalaisten yksityisyyttä kunnioitetaan.

Tietojen perusteella voidaan tutkia liikkumista eri alueilla ja eri aikoina. Sivustolla näkyy prosenttimuutoksia eri paikkojen - esimerkiksi puistojen, kauppojen, työpaikkojen ja asuinalueiden - kävijämäärissä, ei tarkkoina lukuina.

Google toivoo, että tiedoista on apua pandemian torjuntaa koskevien päätösten teossa.

– Tämä informaatio saattaa auttaa viranomaisia ymmärtämään muutoksia välttämättömässä liikkumisessa. Niiden avulla voidaan muokata suosituksia avoinnaoloaikoihin tai tavarantoimituksiin, sanoo Google Mapsin johtajan, Jen Fitzpatrickin ja yhtiön terveyspalveluiden johtajan Karen DeSalvon allekirjoittama viesti yhtiön sivuilla,

Lähde: Reuters, BBC

https://yle.fi/uutiset/3-11212596

Google COVID-19 Community Mobility Reports (https://www.google.com/covid19/mobility/)
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Norma Bates - huhtikuu 04, 2020, 15:24:20
KOKO maailman tilanneseuranta:

https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Aave - huhtikuu 10, 2020, 12:02:43
Pikalinkki Ruotsin tilanneseurannasta lisätty.
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: kertsi - huhtikuu 10, 2020, 15:52:38
Corona i intensiv­vården (https://www.svt.se/datajournalistik/corona-i-intensivvarden/) (SVT. päivitetään)
Tuossa näkyvät sukupuolijakaumat ikäryhmittäin.
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Aave - huhtikuu 11, 2020, 01:33:36
COVID-19 in Swedish intensive care (https://www.icuregswe.org/en/data--results/covid-19-in-swedish-intensive-care/) (icuregswe.org).

Ruotsin (Pakko)valinta tuottaa joka tapauksessa muullekin maailmalle arvokasta dataa, vaikka tässäkin pelkkä tehohoidon kapasiteetin tarkastelu on osin harhaanjohtavaa. En nyt juuri jaksa perehtyä tarkastelemaan ja vertailemaan tutkimusta syvällisemmin.
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: kertsi - huhtikuu 17, 2020, 16:50:44
Tämä ei ole tainnut vielä pulpahtaa kantapaikassa esiin:
työkalu, jossa voi eri parametrejä vaihtelemalla generoida erilaisia epidemiakäyriä:
Epidemic Calculator
(https://gabgoh.github.io/COVID/index.html)
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Aave - huhtikuu 20, 2020, 13:02:54
^
Kaikki tuossa käytetty data on edelleen epävarmaa, eikä kaikkia tarvittavia lukuja ole Suomessa saatavilla. Se ei tietenkään ole työkalun puute, vaan oman tiedonsaantimme rajallisuuden aikaansaannos.

Simppelimpi käppyrän piirtotyökalu tässä, Covid Trends (https://aatishb.com/covidtrends/?scale=linear&location=Czechia&location=Finland&location=Greece&location=Portugal&location=Sweden). Sen avulla voi tehdä sairaustapauksista rinnastuksia eri maittain. Laitoin tuohon esimerkinomaisesti Kreikan,Ruotsin, Tsekkien, Portugalin ja Suomen vertailukäppyrät. Tarkastelua voi suorittaa niin lineaarisesti, kuin logaritmisesti. Hiiren osoittimen eri käppyröiden kohdalle siirtäessä saa samalla tarkemmat maakohtaiset sairausluvut esiin.

Mutta tietysti nämäkin tiedot ovat epäluotettavia.
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Norma Bates - huhtikuu 23, 2020, 18:44:59
https://pubs.rsna.org/doi/10.1148/ryct.2020200110

Chest CT Findings in Cases from the Cruise Ship "Diamond Princess" with Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Hayabusa - huhtikuu 23, 2020, 21:05:51
Lainaus käyttäjältä: Aave - huhtikuu 20, 2020, 13:02:54
^
Kaikki tuossa käytetty data on edelleen epävarmaa, eikä kaikkia tarvittavia lukuja ole Suomessa saatavilla. Se ei tietenkään ole työkalun puute, vaan oman tiedonsaantimme rajallisuuden aikaansaannos.

Simppelimpi käppyrän piirtotyökalu tässä, Covid Trends (https://aatishb.com/covidtrends/?scale=linear&location=Czechia&location=Finland&location=Greece&location=Portugal&location=Sweden). Sen avulla voi tehdä sairaustapauksista rinnastuksia eri maittain. Laitoin tuohon esimerkinomaisesti Kreikan,Ruotsin, Tsekkien, Portugalin ja Suomen vertailukäppyrät. Tarkastelua voi suorittaa niin lineaarisesti, kuin logaritmisesti. Hiiren osoittimen eri käppyröiden kohdalle siirtäessä saa samalla tarkemmat maakohtaiset sairausluvut esiin.

Mutta tietysti nämäkin tiedot ovat epäluotettavia.

Mitä nuo kreikkalaiset ovat tehneet? Lukujen perusteella ainakin jotakin oikein!
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Aave - huhtikuu 27, 2020, 00:01:59
Lainaus käyttäjältä: Hayabusa - huhtikuu 23, 2020, 21:05:51
Mitä nuo kreikkalaiset ovat tehneet? Lukujen perusteella ainakin jotakin oikein!
Käsittääkseni jyrkkiä rajoitustoimia ja ihmisten omaa huolellisuutta. Kreikan julkinen terveydenhuolto on niin kuralla, että sitä ei ole juurikaan varaa kuormittaa.
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Aave - huhtikuu 27, 2020, 00:08:40
Coronavirus 'map' identifies key virus entry points into the body (https://www.imperial.ac.uk/news/197114/coronavirus-identifies-virus-entry-points-into/) (Imperial College London).

Nenä, suu ja silmät pääväylinä, mutta tässä oleellisin:

"The study has revealed crucial insights - not only into how the virus gains access to the body, but also how the virus could target organs outside of the airways and leading to a systemic disease: "Heart tissue damage and consequent heart failure is observed in up to 20 per cent of COVID-19 patients. Thus, it was crucial to investigate how the virus could enter heart cells, by mapping the location of the SARS-CoV-2 receptor in the heart, and the proteases that enable the virus to gain entry to cells.
"We analysed around 500,000 single cells from 14 human hearts and identified three types of cells that express the entry receptor: pericytes, which are found in the network of small blood vessels in the heart; cardiac muscle cells; and fibroblasts, the cells that help maintain the heart structure. Knowing the specific and likely target cells of the virus in the heart provides crucial information necessary to understand the mechanisms of damage, and guide treatment choices."


D-vitamiini suojaa noita kaikkia.

Enhancing immunity in viral infections, with special emphasis on COVID-19: A review. (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32334392) (PubMed).

"RESULTS: A total of 640 records were identified initially and 22 studies were included from other sources. After excluding duplicates and articles that did not meet the inclusion criteria, 43 studies were obtained (vitamins: 13; minerals: 8; nutraceuticals: 18 and probiotics: 4).

Among vitamins, A and D showed a potential benefit, especially in deficient populations. Among trace elements, selenium and zinc have also shown favourable immune-modulatory effects in viral respiratory infections.

Several nutraceuticals and probiotics may also have some role in enhancing immune functions. Micronutrients may be beneficial in nutritionally depleted elderly population.


CONCLUSIONS: We summaries possible benefits of some vitamins, trace elements, nutraceuticals and probiotics in viral infections. Nutrition principles based on these data could be useful in possible prevention and management of COVID-19.
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Norma Bates - huhtikuu 29, 2020, 20:10:59
Tutkimus Kiinassa koronan tarttumisesta lähikontakteissa.

https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(20)30287-5/fulltext

Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Norma Bates - toukokuu 08, 2020, 20:58:54
https://www.pnas.org/content/117/17/9241

Koronan genomien analyysi.
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: kertsi - toukokuu 08, 2020, 21:31:21
Lainaus käyttäjältä: Aave - huhtikuu 27, 2020, 00:01:59
Lainaus käyttäjältä: Hayabusa - huhtikuu 23, 2020, 21:05:51
Mitä nuo kreikkalaiset ovat tehneet? Lukujen perusteella ainakin jotakin oikein!
Käsittääkseni jyrkkiä rajoitustoimia ja ihmisten omaa huolellisuutta. Kreikan julkinen terveydenhuolto on niin kuralla, että sitä ei ole juurikaan varaa kuormittaa.
Luin jonkun jutun Hesarista(?) jollain Kreikan saarella asuvasta suomalaisesta. Jos siellä saarilla asuu suuri osuus väestöstä, niitä varmaankin on helpompi sulkea kuin maa-alueita. En tiedä asuuko. Mutta eikös saarivaltiot Australia ja Uusi Seelantikin ole hyvin pärjänneet nekin?
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Aave - toukokuu 14, 2020, 23:01:26
Suomi on nyt viiden viikon ajan suorittanut serologisia testejä, yhteensä 2081 näytettä on tällä hetkellä otettu.

Testi suoritetaan kahdella kierroksella. Ensimmäinen kierros on testi, jolla on korkea herkkyys ja alhainen spesifisyys, joten siitä tulee vääriä positiivisia. Toinen kierros on puolestaan ​​neutralointikoe, jossa otetaan positiiviset näytteet ja yhdistetään eläviin viruksiin. Sitten nähdään, kuinka moni vasta-aineista todella tuhoaa viruksen, joten sillä saadaan pois kaikki väärät positiiviset.

Ongelma: positiivisia on liian vähän, jotta saataisiin järkevä tulos. Tulokset kuvakaapattuna tässä (https://i.imgur.com/0iZrZxX.png).

Koko viiden viikon jakson aikana aikana 2,26% ensimmäisen kierroksen näytteistä antoi positiivisen vasteen, kun taas 0,27% onnistui neutraloimaan viruksen. Mitään nousevaa trendiä ei voida tähän sovittaa ja on jokseenkin epätodennäköistä, että tartuntojen määrä olisi laskemassa. Toisin sanoen, täytyy edelleenkin ottaa tuhansia ja taas tuhansia lisää testejä, jotta saataisiin joku järkevä käsitys siitä, missä mennään.

Lähteenä tämä THL:n raportti (https://www.thl.fi/roko/cov-vaestoserologia/sero_report_weekly.html).
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Aave - toukokuu 17, 2020, 11:46:43
^
Edelliseen liittyen jotain jotain Orpo ja Marin... :)

Uutena työkaluna corosim.fi (https://corosim.fi/)

Tuon avulla voi mallintaa Suomen tilannetta, ja luvut ovat muokattavissa. Itse työkalua koskevat tiedot saitin lopussa.

Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Aave - toukokuu 21, 2020, 18:12:57
Aioin ensin linkittää tänne THL:n tuoreen väestöserologiatutkimuksen viikkoraportin, mutta se on joutavaa. Lyhyesti: tartunnan saaneita on niin vähän, ettei niistä pysty muodostamaan mitään tarkkaa tilannekuvaa. Suomessahan on nyt kuolleita vain saman verran, kuin yhdessä suuressa italialaisessa vanhainkodissa.
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Norma Bates - toukokuu 26, 2020, 09:18:00
Koronan sukupuu ja itäaasialaisen ja eurooppalaisen version vertailua.

https://www.cato.org/blog/two-supertypes-coronavirus-east-asian-european?fbclid=IwAR18cbX3rXWmRxKrYjkx8LMirpLAimWmQHr98cvc5AXiOW0d2wwMQk8jANw
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Norma Bates - kesäkuu 04, 2020, 12:06:13
https://medicalxpress.com/news/2020-06-proteins-blood-covid-patients-ill.html

Veren proteiineista saattaa selvitä koronatartunnan tuleva vaikeusaste.
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: ROOSTER - kesäkuu 04, 2020, 20:14:50
Näyttäisi siltä, että maskien virustorjunnan tulevaisuus on sähkössä.

Lainaus käyttäjältä: https://www.mediuutiset.fi/uutiset/mu/c62ddcda-2abd-4c64-9389-0823986243d5?ref=ampparit:c9feTeknologiaa on tähän mennessä testattu sekä sian että ihmisen koronaviruksilla, ja alustavien tulosten mukaan sähkövaraus näyttäisi rikkovan virusten sisäistä rakennetta ja tuhoavan niiden kyvyn tartuttaa.
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Norma Bates - heinäkuu 16, 2020, 09:32:51
Syy miksi korona on häijy ihmisille joilla on korkea verensokeri tai kolesteroliarvo:

As such, Nahmias and tenOever spent the last three months studying what SARS-CoV-2 is doing to human lung cells. What they found is that the novel coronavirus prevents the routine burning of carbohydrates, which results in large amounts of fat accumulating inside lung cells – a condition the virus needs to reproduce.

"By understanding how the SARS-CoV-2 controls our metabolism, we can wrestle back control from the virus and deprive it from the very resources it needs to survive," Nahmias said, noting that it also may help explain why patients with high blood sugar and cholesterol levels are often at a particularly high risk to develop COVID-19.

The team then reviewed a panel of eight already-approved drugs that could possibly interfere with the virus's ability to reproduce. Tricor caused the cells to start burning fat, Nahmias said. The result was that the virus almost completely disappeared within only five days of treatment.

The experiment was done in lab studies both in Israel and New York and was replicated several times with different lung samples. Nahmias said there is a strong indication that the experiment is highly repeatable in other labs.


https://www.jpost.com/health-science/hebrew-u-scientist-drug-could-eradicate-covid-19-from-lungs-in-days-635028?fbclid=IwAR0NZRWQ9qNTnAUj9jubsRccfwQfWaVBnRAyMpDSVsoGn1EgylpqjyYWmeI
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Norma Bates - elokuu 03, 2020, 09:59:31
Kahden tutkimuksen mukaan lapset levittävät tehokkaammin koronaa kuin aikuiset:

https://www.forbes.com/sites/williamhaseltine/2020/07/31/new-evidence-suggests-young-children-spread-covid-19-more-efficiently-than-adults/?fbclid=IwAR0iMKW6rwQbguzglY-FDpgUS1ZNq3OYjmqy1EdnLSqKeapyKRamWRLe6fU#52b973cd19fd
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Norma Bates - syyskuu 15, 2020, 09:03:33
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960076020302764?fbclid=IwAR2I3-9EavMa4-kTVN8c2N4Jz6UgOIovRO4ZttPLVsJCJTFuV6ti3uRcsks

Our pilot study demonstrated that administration of a high dose of Calcifediol or 25-hydroxyvitamin D, a main metabolite of vitamin D endocrine system, significantly reduced the need for ICU treatment of patients requiring hospitalization due to proven COVID-19. Calcifediol seems to be able to reduce severity of the disease, but larger trials with groups properly matched will be required to show a definitive answer.
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Aave - syyskuu 15, 2020, 12:46:25
Lainaus käyttäjältä: Norma Bates - syyskuu 15, 2020, 09:03:33
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960076020302764?fbclid=IwAR2I3-9EavMa4-kTVN8c2N4Jz6UgOIovRO4ZttPLVsJCJTFuV6ti3uRcsks

Our pilot study demonstrated that administration of a high dose of Calcifediol or 25-hydroxyvitamin D, a main metabolite of vitamin D endocrine system, significantly reduced the need for ICU treatment of patients requiring hospitalization due to proven COVID-19. Calcifediol seems to be able to reduce severity of the disease, but larger trials with groups properly matched will be required to show a definitive answer.
Pitänee tässä yhteydessä mainita D-vitamiinista sekin, että sen vaihtelevat suositusmäärät perustuvat valkoihoisilla tehtyihin tutkimuksiin. Mustilla on sitä/tarvitsevat sitä luonnostaan vähemmän, kuin valkoihoiset. Kun jossain vaiheessa on "löydettiin" yhteys esim. somalien korkeaan sairastumisprosenttiin ja vähäisempiin D-vitamiiniarvoihin, niin tätä seikkaa ei siinä oltu huomioitu lainkaan.

Aiheesta enemmän NPR: How A Vitamin D Test Misdiagnosed African-Americans (https://www.npr.org/sections/health-shots/2013/11/20/246393329/how-a-vitamin-d-test-misdiagnosed-african-americans?t=1600163084017).
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Norma Bates - joulukuu 14, 2020, 10:44:06
https://science.sciencemag.org/content/early/2020/12/09/science.abe3261

Phylogenetic analysis of SARS-CoV-2 in Boston highlights the impact of superspreading events

Aamulehden artikkelin asiasta:

https://www.aamulehti.fi/koronavirus/art-2000007680215.html

Tutkijoiden arvio: Bostonissa pidetystä seminaarista lähti liikkeelle tartuntaketju, jossa koronaan sairastui jopa 300 000 ihmistä aina Ruotsissa asti

Tutkijoiden mukaan jopa 1,9 prosenttia kaikista marraskuun alkuun mennessä kirjatuista Yhdysvaltain koronavirustapauksista on alkujaan peräisin Bostonissa pidetystä konferenssista.
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Norma Bates - joulukuu 25, 2020, 16:56:20
Tutkimus maskien suojaavuudesta:

https://royalsocietypublishing.org/doi/10.1098/rsos.201663?fbclid=IwAR0JQP7poO9t6GsHS4e7zKKtikqZTGYMmpF8sw9lqzsnngagKYV0LzVCheU&

In conclusion, these experiments demonstrate that both surgical and simple handmade masks such as a single-layer cotton mask can suppress the risk of direct person-to-person virus transmission through large droplet deposition. The data do not allow us to draw conclusions on the risks of virus transmission through aerosol inhalation. Assuming that SARS-CoV-2 virus transmission through aerosol is small compared to through large droplets, these results suggest that physical distancing can be reduced with the use of face coverings.

Simppelisti:

Mask Wearing Is 99.9 Percent Effective At Retaining Large Droplets When Worn Properly, Study Finds

https://www.iflscience.com/health-and-medicine/mask-wearing-is-999-percent-effective-at-retaining-large-droplets-when-worn-properly-study-finds/?fbclid=IwAR2T7j563vJ6519kvmpUNAoa9qcQF4wgJkzNQc2eze_2XSURTtes7bzQuUg
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Norma Bates - maaliskuu 27, 2021, 11:09:29
https://link.springer.com/article/10.1007/s11357-020-00272-3

Sarcopenia during COVID-19 lockdown restrictions: long-term health effects of short-term muscle loss

Itse en tätä lukenut, mutta jos jotakuta lihasmassan kanssa operoivaa kiinnostaa.
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Norma Bates - toukokuu 26, 2021, 10:46:37
https://yle.fi/uutiset/3-11931018

Veriryhmä ei vaikuta siihen, kuka sairastuu vakavasti
Aikaisemmissa tutkimuksissa on ollut esillä käsitys siitä, että esimerkiksi veriryhmään A kuuluvilla ihmisillä olisi suurempi riski sairastua korontaudin vakavampaan muotoon.

Tämän tutkimuksen mukaan näin ei kuitenkaan ole.

– Tämän tutkimuksen mukaan veriryhmä vaikuttaa vain alttiuteen saada tartunta herkemmin, mutta vaikutus on melko pieni. A-, B- tai O-veriryhmä ei tämän tutkimuksen perusteella vaikuta siihen, että tauti etenisi vakavampaan muotoon, sanoo Niemi.


Ynnä muuta, mutta lainasin nyt vaan tuon kun sitä aikoinaan käsiteltiin mediassa.
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Karikko - toukokuu 26, 2021, 13:07:17
Lainaus käyttäjältä: Norma Bates - toukokuu 26, 2021, 10:46:37
https://yle.fi/uutiset/3-11931018

Veriryhmä ei vaikuta siihen, kuka sairastuu vakavasti
Aikaisemmissa tutkimuksissa on ollut esillä käsitys siitä, että esimerkiksi veriryhmään A kuuluvilla ihmisillä olisi suurempi riski sairastua korontaudin vakavampaan muotoon.

Tämän tutkimuksen mukaan näin ei kuitenkaan ole.

– Tämän tutkimuksen mukaan veriryhmä vaikuttaa vain alttiuteen saada tartunta herkemmin, mutta vaikutus on melko pieni. A-, B- tai O-veriryhmä ei tämän tutkimuksen perusteella vaikuta siihen, että tauti etenisi vakavampaan muotoon, sanoo Niemi.


Ynnä muuta, mutta lainasin nyt vaan tuon kun sitä aikoinaan käsiteltiin mediassa.

Niin veriryhmä ei kaiketi vaikuta- mutta asiahan on vielä keskeneräinen.

Siis nyt todettiin, että veriryhmän määräytymiseen vaikuttavat geenit ovat jossain määrin "syyllisiä" taudin vakaviin muotoihin ja siihen miten herkästi tauti tarttuu.

Eli tämä tarkoittaa edelleen sitä, että veriryhmillä on merkitystä, vaikka se ei olekaan se virallinen "syy".
No Asiaa tutkitaan edelleen ja lisää tietoa tulee varmaan aikanaan..
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Toope - kesäkuu 13, 2021, 01:22:23
Luomme noille rokotuksia, vaikkemme ole flunssaan ja influenssaan luoneet rokotetta. Emme AIDS:iin tai tuberkuloosiin.
Minä luulen, ettemme covidiinkaan oikeasti luo toimivaa rokotetta.

Voimmeko luoda rokotetta noin sopeutuvaa virusta vastaan? En sano mitään sellaista, että ihmiskunta olisi tuhoutumassa covidiin, ehkä se vaan on uusi tuberkuloosi? Pakko sietää. Pakko elää sen kanssa?

Lääketiede ei ole voittanut vielä viruksia.
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Norma Bates - kesäkuu 13, 2021, 10:10:38
Lainaus käyttäjältä: Toope - kesäkuu 13, 2021, 01:22:23
Luomme noille rokotuksia, vaikkemme ole flunssaan ja influenssaan luoneet rokotetta. Emme AIDS:iin tai tuberkuloosiin.
Minä luulen, ettemme covidiinkaan oikeasti luo toimivaa rokotetta.

Voimmeko luoda rokotetta noin sopeutuvaa virusta vastaan? En sano mitään sellaista, että ihmiskunta olisi tuhoutumassa covidiin, ehkä se vaan on uusi tuberkuloosi? Pakko sietää. Pakko elää sen kanssa?

Lääketiede ei ole voittanut vielä viruksia.

Kommenttisi ei ole otsikon mukainen, joten tämä siirrettäneen tästä. Huomautan kuitenkin että eihän me voida tumput suorinakaan olla. Vähän kuin elettäisiin 1950-lukua ja sanottaisiin että "Kuuhun ei ole koskaan menty, ei varmaan siis koskaan mennäkään, eletään sen kanssa".

Välttämättä koronasta ei päästä eroon, mutta sen kanssa voidaan tosiaan oppia elämään sen vaikutuksia helpottaen. Eihän HIV-tartuntakaan ole nykyään enää vääjäämätön kuolemantuomio, jos sattuu olemaan länkkäri ja hyvinvointipalveluiden ulottuvissa. Tässä onkin toisaalta se paha probleemi että kun nuoriso elää siinä uskossa että AIDS ei heille kehity, vaikka HIV+ olisikin, niin sitten eletään kuin siat pellossa ja kuksitaan paljaaltaan, koska saahan aina tarvittaessa lääkkeet. Kuten joku on sanonutkin: "HIV on pelkkä nuha". Mutta nämä porsastelijat eivät sitten tule ajatelleeksi että kaikkia ei välttämättä miellytä ajatus positiivisen kanssa parittelusta, eli he supistavat mahdollisten panokaveriensa määrää jyrkästi hankkiutumalla tieten tartunnan saaneiksi.

Ja siinä sivussa sitten muitakin, jos eivät kerro partnereilleen tartunnastaan.
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Toope - heinäkuu 02, 2021, 00:22:29
Nyt Delta, ovat kirjain D:ssä jo. Aakkosia riittää.
https://www.iltalehti.fi/ulkomaat/a/0e195bad-3202-4446-888a-65eec1857cdd (https://www.iltalehti.fi/ulkomaat/a/0e195bad-3202-4446-888a-65eec1857cdd)
Vaikka olen perinteisesti rokotepositiivinen, olen itseni ja lapseni rokotuttanut (ne oikeat rokotteet!), en taida enää, jos joka vitun flunssaan pitää joku piikki ottaa.
Ehkä ei enää...
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Norma Bates - heinäkuu 02, 2021, 09:15:44
Lainaus käyttäjältä: Toope - heinäkuu 02, 2021, 00:22:29
Nyt Delta, ovat kirjain D:ssä jo. Aakkosia riittää.
https://www.iltalehti.fi/ulkomaat/a/0e195bad-3202-4446-888a-65eec1857cdd (https://www.iltalehti.fi/ulkomaat/a/0e195bad-3202-4446-888a-65eec1857cdd)
Vaikka olen perinteisesti rokotepositiivinen, olen itseni ja lapseni rokotuttanut (ne oikeat rokotteet!), en taida enää, jos joka vitun flunssaan pitää joku piikki ottaa.
Ehkä ei enää...

Mikä tekee rokotteesta "oikean"? Oliko isorokkorokote oikea silloin kun sitä kokeiltiin ensimmäisiä kertoja eikä tiedetty lainkaan että miten käy? Ei ollut edes eläinkokeita siinä välissä, kun muistaakseni tyyppi vain tökkäsi lehmärokkoa johonkin nuoreen poikaan. Koronarokotteenkaan kohdalla ei ihmiseen pistetä itseään koronavirusta.

Flunssaksi vähättelyn soisi jo loppuvan jokaiselta jolla on elin nimeltä aivot. Korona on semmoinen jänskä juttu että se on hengitysteitse tarttuva virus joka aiheuttaa verisuonitaudin.
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Karikko - heinäkuu 02, 2021, 10:47:12
Lainaus käyttäjältä: Norma Bates - heinäkuu 02, 2021, 09:15:44
Lainaus käyttäjältä: Toope - heinäkuu 02, 2021, 00:22:29
Nyt Delta, ovat kirjain D:ssä jo. Aakkosia riittää.
https://www.iltalehti.fi/ulkomaat/a/0e195bad-3202-4446-888a-65eec1857cdd (https://www.iltalehti.fi/ulkomaat/a/0e195bad-3202-4446-888a-65eec1857cdd)
Vaikka olen perinteisesti rokotepositiivinen, olen itseni ja lapseni rokotuttanut (ne oikeat rokotteet!), en taida enää, jos joka vitun flunssaan pitää joku piikki ottaa.
Ehkä ei enää...

Mikä tekee rokotteesta "oikean"? Oliko isorokkorokote oikea silloin kun sitä kokeiltiin ensimmäisiä kertoja eikä tiedetty lainkaan että miten käy? Ei ollut edes eläinkokeita siinä välissä, kun muistaakseni tyyppi vain tökkäsi lehmärokkoa johonkin nuoreen poikaan. Koronarokotteenkaan kohdalla ei ihmiseen pistetä itseään koronavirusta.

Flunssaksi vähättelyn soisi jo loppuvan jokaiselta jolla on elin nimeltä aivot. Korona on semmoinen jänskä juttu että se on hengitysteitse tarttuva virus joka aiheuttaa verisuonitaudin.

No veren välityksellä yleensä molekyylit osaavat kommunikoida keskenään ja "huolehtia elimistön tarpeista.
Virus ottaa solujen energiatuotannon omaan käyttöönsä ja tuottaa kopioitaan jotka leviävät ympäristöön ihmiseen ja ulkopuolelle muidenkin saataville.

Siltä suojautumiseen immuunipuolustuksella on sitten keinonsa tuottaa vasta-aineita ja muita reaktioita viruksen tuhoamiseksi.

Solujen proteiinisynteesissä on  molekyylejä varmaan noin 20 000 erilaista joiden yhteistoiminta mahdollistaa sen vuorovaikutuksen jota synteesiin tarvitaan.  "Väärin toimivat molekyylit tuottavat häiriöitä, muuten vakaaseen systeemiin.
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Norma Bates - heinäkuu 05, 2021, 09:25:53
https://yle.fi/uutiset/3-12004305

Tuoreen yhdysvaltalais-australialaisen tutkimuksen mukaan COVID-19:n aiheuttaja SARS-CoV-2 ei silti ole ensimmäinen koronavirus, joka on syypää laajaan ja vakavaan epidemiaan.

Sellainen puhkesi Itä-Aasiassa runsaat 20 000 vuotta sitten, ja sen jäljet näkyvät yhä joidenkin ihmispopulaatioiden perimässä – samalla tavoin kuin ympäristöolosuhteet tallentuvat puiden vuosirenkaisiin, vertaa Queenslandin teknillisen yliopiston(siirryt toiseen palveluun) synteettisen biologian professori Kirill Alexandrov.

...

Mutaatioiden perusteella he laskivat, että jokin koronavirus oli alkanut sairastuttaa itäaasialaisia noin 23 000 vuotta sitten. COVID-19:n kaltainen roihahdus se ei ollut eikä silloisessa maailmassa voinutkaan olla, vaan viruksen levittäytyminen vei satoja vuosia.

Muista maanosista ei löytynyt merkkejä tästä muinaiskoronasta, mutta Itä-Aasiassa se levisi nykyisten Japanin, Kiinan, Mongolian, Taiwanin, Vietnamin ja molempien Koreoiden alueelle.

...

Tulevien koronatautien nujertamisen kannalta havainnot 42 geenin vaikutuksesta ovat hyvin kiinnostavia, tutkijat sanovat. Souilmin mukaan tulokset osoittavat, missä ovat "ne molekyylinappulat, joita kääntämällä säädetään immuunivastetta".

– Menneisyydessä tapahtuneilla asioilla on taipumus toistua, varoittaa puolestaan Arizonan yliopiston ekologian ja evoluution apulaisprofessori David Enard, mutta näkee siinä samalla mahdollisuuden.

Ehkä tutkimus on alku sille, että menneisyyden genomimuutoksia selvittämällä pystytään luomaan hälytysjärjestelmä, joka varoittaa hyvissä ajoin uusien pandemioiden uhkasta, hän sanoo.
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Norma Bates - marraskuu 17, 2021, 21:12:21
https://www.hs.fi/tiede/art-2000008391522.html?fbclid=IwAR24sF_7H0inZl5YdIsWe25zCu2tK3549rZpr0INo64_wJh2cqlID7_S81s

Tutkijat selvittivät, miksi delta­variantti tarttuu niin tehokkaasti: yhden amino­hapon mutaatio lisää tartuttavuutta monin­kertaisesti

...

Piikkiproteiini lienee monelle tässä vaiheessa tuttu käsite. Esimerkiksi Pfizerin ja Modernan mrna-rokotteet perustuvat siihen, että elimistö oppisi tunnistamaan tämän piikkiproteiinin ja näin suojautumaan virukselta.

Mutta viruksen rakenteessa on myös muita proteiineja. Science-lehdessä julkaistussa tutkimuksessa on löydetty koronaviruksen deltamuunnoksesta toinen tärkeä mutaatio, joka lisää olennaisesti viruksen tarttuvuutta.

Tämä mutaatio on viruksen nukleokapsidissa eli tavallaan viruksen kuoressa, jonka sisällä on viruksen tarttuva perimäaines. Mutaation olemassaolo on tiedetty, mutta nyt sen toiminnasta päästiin tarkemmin selville.

Kun piikkiproteiinin otollinen muoto auttaa virusta ensiksi pääsemään sisään soluun, niin tämä toinen mutaatio auttaa virusta levittämään perimäainestaan tehokkaammin solun sisälle. Tuloksena tartunnan saanut solu tuottaa uusia viruksia entistä enemmän.

UUDEN havainnon mahdollisti nokkela keksintö, jonka Nobel-voittaja Jennifer Doudna kehitti kollegoineen.


Linkissä lisää.
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Norma Bates - joulukuu 22, 2021, 22:08:47
Vanha uutinen, mutta minulle aivan uutta. Korona voi aiheuttaa 1-tyypin diabetesta:

https://www.mediuutiset.fi/uutiset/yhdysvaltalaismedia-koronavirus-voi-aiheuttaa-tyypin-1-diabetesta/82aa56d2-ed8f-403f-9822-919283c0e099
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: MrKAT - joulukuu 22, 2021, 23:29:58
Miksi epidemiat aaltoilee, miksi siinä on aaltoja ja tyynejä hetkiä?
(Korona)epidemiaa on mallitettu vanhastaan SIR-mallilla joka esim. liioittelee tulevaa aaltoa,
nyt tutkijat esittelivät paljon osuvammin ennustavamman SSA-mallin. Käsittääkseni se mm. ottaa sosiaalisten suhteiden satunnaisuudet paljon paremmin huomioon.

Nigel Goldenfeld @NigelGoldenfeld
Why do epidemics have waves and plateaus?  The latest publication from the Illinois COVID modeling group shows that heterogeneous social activity as a baseline, plus mean-reverting variations from baseline leads to waves and plateaus similar to observed.

- https://twitter.com/NigelGoldenfeld/status/1470847540782198785

New model accurately describes COVID-19 waves and plateaus: adding random nature of social activity to traditional model, graphs match waves and plateaus of regional U.S. data
(https://ws.engr.illinois.edu/sitemanager/viewphoto.aspx?id=58788&s=677)
Figure 1 in the published paper depicts a schematic illustration of the Stochastic Social Activity model in which each individual changes their social activity over time. People with low social activity (depicted as socially isolated figures at home) occasionally increase their level of activity (depicted as at a party). The average activity in the population remains the same over time, but individuals constantly change their activity levels from low to high (arrows pointing up) and back (arrows pointing down). Individuals are colored according to their state: susceptible = green, infected = red, and recovered/removed = blue. The epidemic is fueled by constant replenishment of the susceptible population when individuals move from the low-activity state to high-activity settings. Virus transmission occurs predominantly between individuals having high current activity levels.  Credit: A. V. Tkachenko, et al., eLife, December 14, 2021
- https://physics.illinois.edu/news/43769

Malli(n tulos) heittää (tartunta)laumasuojalle vesilintua, perint. mallilla piti syntyä laumasuoja helposti. (Tulkitsen miten käsitin: ) Mutta ihmisten sos. suhteet on niin satunnaiset ja vaihtelevat, että aina löytyy uutta hedelmällistä neitseellistä taskua ja paikallisaalto puhkeaa kun ihmisiä menee juhlimaan ja tuo tautia kotiinsa vielä eristetymmille pikkutaskuille (perheelleen/suvulleen/kylälleen/pikkukaupungilleen). Näin tauti pysyy hengissä vaikka perinteisessä mallissa sen piti tuhota itsensä kun kaikki sai tartunnan. Eipä saaneet.

Aiempi tutkimuksensa: https://www.pnas.org/content/118/17/e2015972118
johon mallinsa perustuu.

Goldenfeld (yksi tutkijoista) selventää ko. twitter-ketjussansa:
The randomness and dynamic variability of individual social interactions, as well as individual differences in the size of social networks produces waves or plateaus even if individuals do not change their social behavior based on knowledge of current infection rates.
---
The model assumes infection rates are highest when social activity is highest, and we solve an age of infection model coupled to the stochastic social activity.  Helpfully, the model maps into the Cox-Ingersoll-Ross model of financial interest rates!
---
To falsify the model, we compare with observational data from four major regions of the USA:  Northeast, Midwest, South, and West during mid-July 2020 to mid-February 2021 when there were no seasonal variations, vaccination, government or self-imposed mitigations and NPIs.
(https://pbs.twimg.com/media/FGmADUxVEAMXIyy?format=jpg&name=900x900)
(Punainen on perinteisen SIR-mallin ennuste ja sininen uuden SSA-mallin ennuste, musta on toteutunut USA:n Keskilännessä).

---
Main result is that the usual SIR type models predict an epidemic peak that is too high and too late compared to the stochastic social activity model.

We started this research in spring 2020 because we were puzzled by why many predictions of epidemic severity were too high.

...
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Karikko - joulukuu 23, 2021, 10:53:02

^

Sulkutoimet ovat tätä viruksen esiintymistä vähentäneet (hidastaneet) ja aaltoilu on paljolti sen syytä- tässä tavassa, mutta sitten tulee niitä uusia variantteja sekaan sotkemaan ja saadaan aaltoilun yhteisvaikutusta myös lisäksi ja epidemian jatkuvuuskin on taattu.

No eihän se kertarysäyskään mikään kovin toivottava asia varmaan ole.  Aaltoilu jatkunee vielä kauan tällä menolla, ei näytä mitään pelastusta olevan tulossa..
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Norma Bates - joulukuu 23, 2021, 20:37:36
https://www.hs.fi/kotimaa/art-2000008498172.html?share=8b53312a6b35ad0710675f7bf7fd5e6d

"SUOMESSA 11-vuotiailla on todettu viime viikkoina jopa kaksinkertainen määrä koronavirus­tartuntoja 12-vuotiaisiin verrattuna, selviää Helsinki Graduate School of Economicsin (GSE) ja Valtion taloudellisen tutkimus­keskuksen perustaman tutkimusryhmän Tilannehuoneen tilastoista.

GSE on Aalto-yliopiston, Hankenin ja Helsingin yliopiston yhteinen yksikkö.

Tilannehuone selvitti tartuntatauti­tiedoista, että 11- ja 12-vuotiaiden lasten koronatartunnat kehittyivät pitkälti samalla tavalla aina vuoden 2021 syksyyn asti. Elokuussa Suomessa aloitettiin 12–15-vuotiaiden lasten rokotukset."
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Norma Bates - joulukuu 26, 2021, 12:07:44
https://www.brown.edu/news/2021-12-14/bubbler

On kehitetty laite joka testaa koronaa puhalluksesta. Pystyy erottelemaan onko kyseessä juuri nyt meneillään oleva tartunta.

Sain tiedon Tieteen Kuvalehden mainoksesta, mutta kuten aina, artikkeli on maksumuurin takana. Googlettamalla löysin vain englanninkielistä materiaalia tältä kuluvalta kuulta.
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Karikko - joulukuu 26, 2021, 16:34:01
Lainaus käyttäjältä: Norma Bates - joulukuu 26, 2021, 12:07:44
https://www.brown.edu/news/2021-12-14/bubbler

On kehitetty laite joka testaa koronaa puhalluksesta. Pystyy erottelemaan onko kyseessä juuri nyt meneillään oleva tartunta.

Sain tiedon Tieteen Kuvalehden mainoksesta, mutta kuten aina, artikkeli on maksumuurin takana. Googlettamalla löysin vain englanninkielistä materiaalia tältä kuluvalta kuulta.

Maksanee melko paljon, jos toimii. Olisi kaiketi melko kiva juttu, jos laite tekisi koko homman ilman laboration määritelmää.

Koiria mainostettiin aluksi hyvinä viruksen tunnistajina- ehkä siis ne vainusivat niitä muutoksia joita se virus aiheutti ihmisen "tuoksuominaisuuksissa.

Ehkä se konekin saadaan oppimaan samantapainen juttu.

Varmaan ostajia riittää, jos sellainen vekotin on myyntivalmis..
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Norma Bates - tammikuu 10, 2022, 14:02:25
Koronatartunnan saaneiden elimistössä autoimmuunireaktio (https://tekniikanmaailma.fi/tutkijat-analysoivat-koronataudin-sairastaneiden-verinaytteita-jokaisesta-loytyi-elimistoa-vastaan-hyokkaavia-autovasta-aineita-jotka-liitetaan-tavallisesti-autoimmuunitauteihin/?fbclid=IwAR0KRylahjejec5z2lxONG9Ikdy04ohPjacHSCnn-wvcz29ln-0mGnoAdg0)

Tutkijat uskovat tunnistaneensa yhden niin sanotun pitkän koronataudin aiheuttavista mekanismeista elimistössä. Yhdysvaltalaisen Cedars-Sinain lääketieteellisen sairaalan tutkimuksessa havaittiin, että Covid-19-taudin synnyttämä immuunivaste voi kestää pitkään taudin väistymisen jälkeen ja aiheuttaa tuhoja elimistössä.

Uutta tutkimuksessa on havainto siitä, että ylikierroksilla käyvä immuunijärjestelmä liitettiin myös lievän tai oireettoman koronataudin sairastaneisiin potilaisiin. Normaalien koronaviruksen vasta-aineiden lisäksi potilaiden elimistö voi alkaa tuottaa niin sanottuja autovasta-aineita, jotka voivat ajan myötä hyökätä elimistön omia elimiä ja kudoksia vastaan, tutkijat kirjoittavat tiedotteessaan.

Kun tutkijat mittasivat vasta-aineiden määrää koronataudin sairastaneilla henkilöillä, he havaitsivat näytteissä "laajan skaalan erilaisia autovasta-aineita" jopa kuusi kuukautta taudin sairastamisen jälkeen. Ennen tätä tutkimusta autovasta-aineiden tuottaminen on yhdistetty vain koronataudin vaikeampiin muotoihin.

"LÖYTÖMME AUTTAVAT ymmärtämään, mikä tekee Covid-19:stä erityisen ainutlaatuisen taudin", sanoo tutkimuksen toinen pääkirjoittaja Justyna Fert-Bober sairaalan tiedotteessa.

"Immuunijärjestelmän epävakauteen viittaavat havaintomme voivat luoda pohjan selitykselle, miksi ihmiset kehittävät monia erilaisia oireita oireyhtymässä, jota kutsumme nyt pitkäksi koronataudiksi."

Tutkimuksessa analysoitiin verinäytteitä 177 koronataudin aiemmin sairastaneelta ihmiseltä. Heidän verinäytteitään verrattiin ennen koronapandemiaa kerättyihin verrokkiryhmän verinäytteisiin. Kaikkien koronataudin sairastaneiden verinäytteistä havaittiin kohonnut autovasta-aineiden määrä, ja osa tunnistetuista autovasta-aineista ovat samoja, jotka on yhdistetty autoimmuunitauteihin, kuten SLE:hen ja reumatismiin.

"Löysimme merkkejä autovasta-aineista, jotka yhdistetään tavallisimmin kroonisiin tulehduksiin ja vammoihin tietyissä kehon osissa, kuten nivelissä, ihossa ja hermostossa", jatkaa tutkijaryhmän jäsen Susan Cheng.

OSA KORONATAUDIN sairastaneiden verinäytteistä löydetyistä autovasta-aineista on liitetty autoimmuunitauteihin, jotka ovat yleisempiä naispuolisilla henkilöillä. Tutkimuksessa autovasta-aineiden määrä oli kuitenkin korkeampi miehillä.

Fert-Bober sanoo havainnon olevan osaltaan paradoksaalinen, mutta toisaalta ymmärrettävä, sillä miehillä on korkeampi riski sairastua koronataudin vakavaan muotoon.

Seuraavaksi tutkijat haluavat tarkastella autovasta-aineiden määrän ja pitkän koronataudin yhteyttä tarkemmin. Lisäksi olisi oleellista selvittää, pitävätkö tutkimuksen havainnot paikkansa myös niin sanottujen läpäisytartuntojen kohdalla. Kyseisen tutkimuksen aineisto oli koostettu ennen koronarokotteiden käyttöönottoa.

Tutkimusraportti on julkaistu Journal of Translational Medicine -tiedelehdessä. Lisää aiheesta tutkimustiedotteessa.
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: kertsi - tammikuu 11, 2022, 19:55:23
^
Mielenkiintoinen artikkeli.
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Norma Bates - tammikuu 17, 2022, 12:08:31
Suolistobakteerit saattavat selittää Etelä-Korean, Japanin ja Suomen vähäisemmän koronakuolleisuuden.

https://experience.arcgis.com/experience/d40b2aaf08be4b9c8ec38de30b714f26?fbclid=IwAR32Jly-aXfpt9JvsMNSIu2i24Dvs1NEbKAXV-dEElRz-AIrW-1IpogPU_o

"I'm not saying that intestinal bacteria alone can cure COVID-19," said the study's lead researcher, Masaaki Hirayama, an associate professor at the university's Graduate School of Medicine. "The purpose of this study was to see if we could make a breakthrough in treatment if we could find at least one thing related to factor X."

Hirayama said that collinsella transforms the gut's bile acids into ursodeoxycholic acid, which has been known to suppress the binding of the coronavirus to its receptor and inhibit the potentially deadly immune response called a cytokine storm.
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Aave - tammikuu 29, 2022, 11:12:37
Rokotteiden tehoja koskevassa vertaistutkimuksessa Modernan rokote on osoittautunut ehkä aavistuksen tehokkaammaksi, kuin Pfizerin. Kumpikin on silti ollut oikein hyviä siinä, mihin ne on suuuniteltu:

COVID-19: Moderna vaccine may reduce infection risk more than Pfizer (https://www.medicalnewstoday.com/articles/covid-19-moderna-vaccine-may-reduce-infection-risk-more-than-pfizer#89-million-people) (medicalnewstoday.com).

Jenkkitutkimuksessa on käytetty 89 miljoonan ihmisen terveystietoja, eli otoskoko on melkoinen.

"The researchers found that in November 2021, there were 2.8 breakthrough cases of COVID-19 in people fully vaccinated with the Pfizer vaccine per 1,000 people. They included breakthrough cases if the people had not received the booster vaccination or had not had a prior recorded infection with SARS-CoV-2.

For the Moderna vaccine, the monthly figure was significantly lower, at 1.6 breakthrough cases per 1,000 people who received these shots.

The risk of hospitalization in the 60 days after infection was also lower for people fully vaccinated with the Moderna vaccine: 12.7% for Moderna versus 13.3% for Pfizer.

The researchers did not see a significant difference in mortality rates between the two vaccine groups".


Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Norma Bates - helmikuu 01, 2022, 14:10:37
Kentältä saatua kokemustietoa long covidista:

https://www.aamulehti.fi/koronavirus/art-2000008580187.html

Pitkittyneestä korona­taudista on maalattu liian synkkä kuva, sanoo yli­lääkäri – Tämä sairaudesta tiedetään nyt

...

Yleisimmin työkyvyn vie pitkäaikaisoireena oleva sitkeä uupumus tai väsymys. Työnteosta ei tule herkästi mitään oirekirjoon lukeutuvassa aivosumussakaan, jossa sanoja on vaikea löytää ja lähimuisti saattaa pettää.

"On myös erilaisia kipuja, päänsärkyä, rintatuntemuksia, sydämentykytyksiä sekä monenlaisia kehollisia oireita. Kivut saattavat myös vaihtaa paikkaa", Liira sanoo.

PITKITTYNEET oireet vaikuttavat Liiran mukaan samantyyppisiltä kuin takavuosien sars- ja mers-epidemioissa. Hän pitää rohkaisevana asiana sitä, että aiempien epidemioiden jälkioireet rauhoittuivat pitkälti ajan kanssa.

...

TOSIASIA on joka tapauksessa se, että osalle koronavirustartunnan saaneista ihmisistä kehkeytyy kuukausia ellei pidempäänkin kestäviä jälkioireita. Tutkimustiedon valossa oireilun taustalla on ainakin pitkittyneen tulehduksen aiheuttamaa hermoston epävakaista toimintaa.

"Kuntoutus on enemmän muuta kuin lääkkeitä, koska mitään yhtä selkeää parantavaa lääkettähän ei ole tähän vaivaan."

Hyötyä on sen sijaan ollut Liiran mukaan muun muassa ryhmäkuntoutuksesta, jossa kuuden potilaan ryhmä kokoontuu kuusi kertaa.

"Siellä on erilaisia teemoja toipumiseen liittyen. Sitten nämä osallistujat kertovat, minkä he ovat kokeneet auttavan. He kannustavat toinen toistaan toipumisen tiellä", Liira kertoo.

HÄIRIINTYNYTTÄ autonomista hermostoa voi pyrkiä rauhoittelemaan monin tavoin. Hyväksi on mahdollisimman syvä rentoutuminen, ja Liiran mukaan apuna käytetään muun muassa videoita, joissa on rentoutusharjoituksia.
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: -:)lauri - maaliskuu 17, 2022, 19:09:14
https://www.is.fi/ulkomaat/art-2000008688828.html

Ilta-Sanomissa artikkeli mielenkiintoisesta tutkimuksesta. 34:lle 18–29-vuotiaalle perusterveelle koehenkilölle laitettiin nenään koronavirusta (viruskanta oli tosin vanhempi kuin delta tai omikron, ja vaikka asiaa ei mainittukaan, epäilen, että kellään ei ollut ainakaan rokotteita alla tai vasta-aineita sen merkkinä, että korona olisi jo sairastettu). Altistumisannos vastasi yhdessä nenäpisarassa ollutta virusmäärä tartuttavimmillaan.

18 sairastui, josta 16 sai oireita ja 2 kokonaan oireettomia. Kukaan perusterveistä ei sairastunut vakavasti. 2 vuorokautta kesti keskimäärin ekojen oireiden ilmaantumisesta ja 5 vuorokauden kuluttua oireet pahimmillaan, jolloin myös koronaviruksia oli nenätesteissä eniten. Hieman myöhemmin 12 koehenkilöllä hajuaistin häiriöitä joista 9 menetti hajuaistin väliaikaisesti kokonaan ja yhdellä koehenkilöistä oli pieniä hajuaistin häiriöitä vielä puolen vuoden kuluttuakin.

Oireiden määrällä ei ilmeisesti ollut vaikutusta siihen, paljonko elimistö tuotti viruksia, minkä epäiltiin olevan syy siihen, miksi tauti levisi niin nopeasti. Tutkimus ei ole vielä vertaisarvioitu ja vaikka se sen läpäisikin, otanta on sen verran pieni, että kovinkaan kattavia johtopäätöksiä on vaikea vetää. Se miksi vajaa puolet eivät saaneet tautia, spekuloitiin johtuneen joko liian pienestä altistumisannoksesta, koehenkilöiden mahdollisesta liian vahvasta immuunipuolustusjärjestelmästä tai molemmista.

Mielenkiintoista olisikin tosiaan tietää, miksi noinkin suuri osa vältti taudin.
Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Karikko - toukokuu 05, 2022, 11:16:53

Nykyisin tauti on viheliäinen, kun sitä virusta on joka puolella ilmassa ja uusia variantteja ilmestyy jatkuvasti, eikä vanhat potemisen paljoakaan auta.

Rokotuksien apu lienee lähinnä hyvin markinaalinen, vaikka ne lisäävät kyllä vasta-aineita. Mutta niitä saa myös muutenkin, kun virusta pakoon ei pääse.

Pelkkä kaupassa käynti altistaa varmaan jonkun verran viruksille ja pidempiaikainen oleskelu paikoissa joissa on ihmisiä on "taatusti" myös viruksen kantajia.
Kesä-aika tuonee jonkun verran helpotusta- ellei kauhiasti kapakissa ja muissa juottoloissa viihdytä muiden kanssa- ehkä terassi on hieman virus-köyhempää seutua.
>>>

Tutkimuksen tulokset viittaavat siihen, että vaikean koronainfektion vaikutukset näkyvät vielä kuusi kuukautta taudin jälkeen ja toipuminen on hidasta. Myös lieväoireisen taudin sairastaneilla saattaa olla kognitiivisia vaikeuksia.

Kognitiivisiin toimintoihin kuuluvat esimerkiksi tarkkaavaisuus, muisti ja oppiminen, päättely ja kielelliset kyvyt.

Huomionarvoista on, että tutkimuksessa mukana olleet sairastuivat vuoden 2020 maaliskuun ja heinäkuun välillä, jolloin vallitseva viruskanta oli eri, eikä väestöllä ollut vielä rokotteita

https://www.iltalehti.fi/terveysuutiset/a/0a79d271-a3a2-46e1-a0c2-a04ad5d2e761

Otsikko: Vs: Koronatyökaluja, tutkimusta ja statistiikkaa
Kirjoitti: Norma Bates - helmikuu 04, 2023, 20:51:24
Eräästä keskustelusta:

...antioksidanttitutkimus koronapotilailta ja verrokkiryhmältä. Potilaat oli jaettu 3 ryhmään eli 21-40 vuotiaat, 41-60-vuotiaat ja yli 60-vuotiaat. Potilailta oli mitattu glutationin määrä ja kuinka ollakaan, niin erot glutationissa oli koronaan sairastumattomien ja sairaalaan joutuneiden välillä todella suuret varsinkin nuoremmissa ikäluokissa. Huomattavaa oli myös se, että glutationin määrä oli hyvin alhainen jopa terveillä yli 60-vuotiailla - itseasiassa reippaasti alhaisempi kuin alle 40-vuotiailla sairaalaan joutuneilla. On siis mahdollista, että tämäkin kielii siitä miten yli 60-vuotiaat ovat koronan riskiryhmää. Artikkelissa pohditaan, että voisiko GlyNAC eli glysiinin ja N-asetyylikysteiinin yhdistelmäaineesta olla hyötyä ja siitä kannattaisi tehdä kiireesti tutkimusta, sillä tiedetään, että GlyNac nostaa nopeasti glutationipitoisuuksia.

Sillä välin kun jäämme odottelemaan jatkotutkimuksia, niin meistä jokainen voi varmaan tehdä vaikka ruokavaliolla parhaansa nostaakseen glutationipitoisuuksia. Ei siis muuta kuin vihanneksia kuten kurkku ja, tomaattia popsimaan ja hedelmistä erityisesti avokadoa, vesimelonia, appelsiinia ja omenoita naamariin ja marjoista vaikka puolukkaa. Kuumentaminen tuhoaa glutationin, joten ei muuta kuin vihannekset ja hedelmät pesulle ja ääntä kohti. Näillä ei tietysti koronaa estetä, mutta ehkä taudinkuva voi olla lievempi ja vaikkei onnistuisi siinäkään, niin luultavasti joka tapauksessa on tullut sitten syötyä terveellisemmin joka estää sitten ties mitä muitakin sairauksia tai ainakin saattaa olla parempi olo itsellä. Tiedän, että koronajuttujeni lukijoissa on myös mm. monikemikaaliherkkiä, niin en malta olla mainitsematta, että monikemikaaliherkilläkin on todettu tavallista alhaisempia glutationipitoisuuksia, itse asiassa jopa vielä alhaisempia kuin sähköherkillä.


En nyt sieltä sitten linkkiä löytänyt tutkimukseen, mutta jos kiinnostaa, niin googlettelemaan. Tuommoista nyt ensialkuun löytyi:

https://ltmensclinic.com/effects-of-glutathione-on-people-with-covid/