Koronavirus

[MrKAT]

Koronan Delta-muunnos, rokotusteho ja laumasuoja. Matemaattisesti.

Alkutiedot:

[1] YLEN uutisen ..
Ärhäkkä deltavariantti jyllää jopa rokotettujen välityksellä – koronarokotteet suojaavat siltä kehnommin kuin muilta muunnoksilta, kertoo tuore selvitys - https://yle.fi/uutiset/3-12018746
.. mukaan 2. rokotus antaa deltaa vastaan infektiosuojaa vain 79%.  E=79% (tulkitsen 1-E:n infektion levittämisriskiksi eli 21% täysrokotetusista saa deltasta infektion ja levittää sitä).

[2] Adam Kucharski näytti laumasuojakaavan https://twitter.com/AdamJKucharski/status/1415587167863283713
Rokotekattavuusraja rkra= 1/E*(1-1/R), E= rokotteen teho ja R=leviamisluku norm. yhteiskunnassa (ennen koronaa).

Kucharski laittoi esimerkin R=6, E=85% => rkra (1-1/R)/E = 98%.  Mutta MrKAT laski [1]:n tiedoin että
R=6, E=79% => rkra=105%.
Oikeasti delta voi levitä helpomminkin eli R=6..8, josta otan keskiarvoksi 7 ja saan
R=7, E=79% => rkra =108%.
=>
Toisin sanoen 100%:stikaan rokotettu neitseellinen väestö ei voi saavuttaa täyttä laumasuojaa deltaa vastaan 2000-luvun alun entisessä normiyhteiskunnassa vaan se tarvii siihen maskeja, käsidesiä, jäljitystä jne.

Alkuperäisen (Wuhanin) koronaviruksen (R=2.5) kanssa me oltaisiin helposti saavutettu laumasuoja, siihen riittää rkra=60%.

[MrKAT]

Huippuvirologi Dr Angela Rasmussen kertoo Li+co tutkimuksesta, jossa näyttäisi saavan selville miksi delta on niin helpon ärhäkästi tarttuva virus: https://twitter.com/angie_rasmussen/status/1415672925047476224

Lyhyesti: Delta koronaviruksella on paljon lyhyempi itämisaika (incubation time) ja se ehtii tehdä paljon enempi, esim. 1000x, viruksia kuin aiemmat variantit. Ja infektoitunut levittää niitä paljon enempi ympärilleen.  Todennäköisyys että jo lyhyelllä kontaktilla, vaikka hetken juttelulla baaritiskillä, saa infektoivan määrän viruksia, on paljon suurempi kuin aiemmin. Vielä tiivistetymmin: Delta-variantti ehtii monistaa itseään a) nopeammin ja b) paljon enempi kuin aiemmat variantit.

Rasmussen:
This suggests that the delta incubation period is reduced compared to the prior viruses. Also, people infected with delta are shedding a shit-ton more virus than those from earlier variants.
This certainly explains delta's increased transmissibility.

If people are shedding 1000X more virus, the probability that a close contact will be exposed to an infectious dose is much higher.
If people become contagious more quickly after exposure, they can have more opportunity to infect others.

[Jaska]

Uusien koronavirustautitartuntojen määrä liki kaksinkertaistuu kahdessa viikossa.  Tätä selitetään hanakamman Delta-variaation osuuden kasvulla ja nuorten aikuisten paluulla aiemmin tavanomaisena pidettyyn sosiaaliseen kanssakäymiseen.

Onkohan jalkapallon EM-kisaturistien paluubusseissa jaeltu deltamuunnos uskottava selitys, kun maailman tartuntojen graafi noudattaa samaa muotoa kuin Suomen.

Laumasuojan antavasta rokotusprosentista puhuminen kai vaatisi, että olosuhteet pysyvät samoina. Mutta nehän eivät pysy. Rajoituksia puretaan ja hanakammat tautimuunnokset valtaavat markkinoita.

...
[1] YLEN uutisen ..
Ärhäkkä deltavariantti jyllää jopa rokotettujen välityksellä – koronarokotteet suojaavat siltä kehnommin kuin muilta muunnoksilta, kertoo tuore selvitys - https://yle.fi/uutiset/3-12018746
.. mukaan 2. rokotus antaa deltaa vastaan infektiosuojaa vain 79%.  E=79% (tulkitsen 1-E:n infektion levittämisriskiksi eli 21% täysrokotetuista saa deltasta infektion ja levittää sitä).
...

Infektiosuojaprosentin minä olen ymmärtänyt niin että molemmat rokoteannokset saaneen 79% infektiosuoja tarkoittaa samanlaisessa tartuntakuormitustilanteessa täysrokotetuista  tartunnan saa noin 21% siitä määrästä minkä samankokoisesta määrästä rokottamattomia. Siis jos rokottamattomista saa tartunnan 2% niin rokotetuista saa 0,21*2% = 0,42%.
Jos sairaalaepidemiassa hoitohenkilökunta työskentelee oloissa, joissa ilman rokotusta kaikki juuri ja juuri saisivat tartunnan, niin rokotetuista 21% sairastuu, Mutta rokotettujen sairastuminen voi nousta vaikka lähelle 100%:ia jos olosuhteiden sairastumisriski nousee kylliksi.

[2] Adam Kucharski näytti laumasuojakaavan https://twitter.com/AdamJKucharski/status/1415587167863283713
Rokotekattavuusraja rkra= 1/E*(1-1/R), E= rokotteen teho ja R=leviamisluku norm. yhteiskunnassa (ennen koronaa).
---

Tuo R on kai luku kuinka monta tartunnan saanut keskimäärin tartuttaa? Ja siihenhän vaikuttavat monet asiat kuten miten pitkään juottoloissa on lupa anniskella alkoholia ja onko julkisessa liikenteessä käytettävä maskia.
Luulisin tartunnan saaneen taudinlevittämiseen vaikuttavan jonkin verran myös sen onko täysrokotettu vai ei, kun vaikuttaa voimakkaasti oireisiinkin.

[Norma Bates]

Jonkun lehden artikkelista sai pintapuolisesti sellaisen vaikutelman kuin Nohynek olisi lopettamassa jäljittämisen. Kaippa Ylen anti on luotettavin:

https://yle.fi/uutiset/3-12016600

Jos rokotukset kulkevat toivotussa aikataulussa, on Nohynekin mukaan ehkäisykeinoja hellitettävä kuitenkin viimeistään lokakuussa, kun koko kohdeväestö on saanut molemmat rokoteannokset.

Sitten alkaa seuraava pohdinta. Koska rokote ei estä jatkossakaan infektioita täydellisesti, on valittava strategia koronaviruksen ja ihmisen yhteiseloon.

– Pysymmekö vakavien tautien ja kuolemien estämisessä vai olemmeko kunnianhimoisia ja haluamme estää infektioita niin paljon kuin mahdollista? Ja jos haluamme, millä hinnalla?

Yksi kysymysmerkki on pitkittynyt koronavirustauti eli long covid. Jos sitä halutaan estää, pitää uusia infektioita torjua yhä ahkerasti. Pitkittyneen oireenkuvan syyt, seuraukset ja yleisyys ovat yhä melko tuntemattomat.

Virus jää todennäköisesti seuralaiseksemme, sillä koronapandemian varrella ajatus laumasuojasta on jossei murtunut, niin ainakin muuttunut.

Hyvä että mainitaan tuo long covid. Se kun tuntuu olevan asia joka moneltakin ihmiseltä jotenkin menee kuin vesi hanhen selästä, varsinkin jos ei ole kauheasti koronauutisointia seurannut. Minua ihmetyttää kun Briteissä on piikitetty jo iät ajat, että miksei sieltä päin ole jo tullut tuloksia että onko rokottaminen vähentänyt long covid -tapausten määrää?

[Jaska]

MrKATin laumasuojan rokotekattavuusrajassa R-luku tarkoittanee alkutilannetta ennen rajoitustoimia. Kullekin taudille annettaneen tällainen R-luku jollain menettelyllä, esim Wuhanin alkuperäiselle koronavirustaudille R-luku on n. 2,5. Viime keväänä Suomessa rajoitusten vallitessa R-luku muistaakseni oli 1,1 - 1,35, mutta sellaisia ei laumasuojatavoitteita laskettaessa käytetä, vaan tavoitteena on tilanne, jossa rajoituksia ei tarvita mutta rokotukset laskevat R-luvun alle yhden eli kääntävän tartunnat laskuun. Laumasuoja ei siis ole seinä, joka kerralla lopettaa tartunnat vaan riittävän moni välttää tartunnan rokotuksella saadun suojan ansiosta, että tartuttaja saa keskimäärin alle yhden uuden tartutettua.

Laumasuojan ajattelu näyttää menevän niin, että jos taudin alkuperäinen R-luku on vaikka 6, niin laumasuoja on silloin, kun keskimäärin 6 tartutettavasta yli 5 välttää tartunnan rokotteen tartuntasuojan ansiosta ja keskimäärin vain alle yksi (rokotettu tai rokottamaton) sairastuu. Edelleen kummeksun  kuvaustapaa, että rokottamattomat olisivat suojassa rokotettujen suojassa, kun on kyse siitä, että sairastuneet tartuttajat ovat vähenemässä rokotusten ansiosta.

Tämän deltamuunnoksen eli Intian variantin leviämisluku 5 - 8 on jo korkeampi kuin isorokon. Isorokko vain oli tappavampi, yksi kolmesta sairastuneesta kuoli. Isorokko on 1980 maailmasta hävitetyksi julistettu virustauti, josta on tunnetusti jäljellä virusnäyteet vain laboratorioissa  Yhdysvalloilla ja Venäjällä. Isorokko leviää pisaratartuntana ihmisestä ihmiseen.

[Karikko]

Rokotteiden kaikki vaikutukset eivät taida tulla ihan nopeasti analysoitua- onhan kyseessä uudenlaisia rokotteita paljolti.

Kiinalaiset taitavat rokotella vanhalla systeemillä- mutta uudenlaisten dna- rdna rokotteiden mekanismi ei taida olla vielä aukottomasti tutkittu- ja tuskin sitä voisi tehdäkään- aika siis näyttänee mitä kaikkia vaikutuksia tuolla perimän manipuloinnilla tulee olemaan.
Vaikutukset kuitenkin ovat ilmeisesti pysyväluontoisia, kun kajotaan proteiinituotantoon solujen synteesissä.

No sitähän kaikki muutkin luonnossa tapahtuvat tartunnat jossain määrin aiheuttavat, mutta miten tuo sitten ihmisen toimesta onnistuu.

[Norma Bates]

Perimän manipuloinnilla? Enpä ole kuullut että rokotteen vaikutukset periytyisivät myöhemmin syntyville lapsillekin.

[Jaska]

mRNA:n käyttö onkin uusinta uutta, ettei ole vielä kokemuksia periytymisestä 
No oikeasti ollaan huolissaan, että onko tehoa yli puoli vuotta.

Mutta totta kai se askarruttaa kun ihmisen kehon toimintaan kajotaan tavalla, joka ei jokamiehelle ole ilmeinen, ikäänkuin rakennetaan rokotelaboratorio elimistön sisään.

[MrKAT]

MrKATin laumasuojan rokotekattavuusrajassa R-luku tarkoittanee alkutilannetta ennen rajoitustoimia. Kullekin taudille annettaneen tällainen R-luku jollain menettelyllä, esim Wuhanin alkuperäiselle koronavirustaudille R-luku on n. 2,5. Viime keväänä Suomessa rajoitusten vallitessa R-luku muistaakseni oli 1,1 - 1,35, mutta sellaisia ei laumasuojatavoitteita laskettaessa käytetä, vaan tavoitteena on tilanne, jossa rajoituksia ei tarvita mutta rokotukset laskevat R-luvun alle yhden eli kääntävän tartunnat laskuun.

Joo, näin minäkin ajattelin.  R riippuu yhteiskunnasta, tilanteesta, rajoituksista. Kaavasta jos halutaan laumasuoja ennen rajoitustoimia, niin käytetään R joka oli(si) ennen rajoitustoimia.
  Jos uudet päivitetyt painokset mRNA-rokotteista ensi talvena/keväänä saisi E:n nostettua 99%:iin myös deltaviruksille niin laumasuoja olisi taas mahdollinen rokotuksin jonka jälkeen rajoitustoimet voitaisiin purkaa.

Mutta ihmiset ei ole lehmät karsinassa vaan liikkuu "karsinoista" toiseen turisteina, liikematkailijoina jne ja näin alttiit rokottamattomat tms immuunisesti heikot alttiit ovat alati pienessä vaarassa silti saada korona. Ainakaan heidän ei kannattaisi matkailla muihin vähemmän rokotettuihin "änkyröiden" maihin (kuten Ranskaan, USA:aan) tai kehitysmaihin.

[Karikko]

Perimän manipuloinnilla? Enpä ole kuullut että rokotteen vaikutukset periytyisivät myöhemmin syntyville lapsillekin.

Miljardien ihmisten rokottaminen tuolla uudella tavalla, joka vie adenoviruksen avulla vierasta proteiinia solun tumaan muokkaa varmaan sitä tumaa.

Ihmehän se olisi jossei siitä jotain seuraisi, noin kolmannes  ihmis-solun geeneistä oletetaan olevan virusperäisiä.
Isompaan huoleen ei liene aihetta, onhan sitä tähänkin asti luonto toiminut kohtuullisen hyvin ja ihmis-ikäkin lähinnä noussut.
Ja joo nuo kirjain-yhdistelmät sekoittuvat toisinaan ihan "itsekseen".

[Norma Bates]

Perimän manipuloinnilla? Enpä ole kuullut että rokotteen vaikutukset periytyisivät myöhemmin syntyville lapsillekin.

Miljardien ihmisten rokottaminen tuolla uudella tavalla, joka vie adenoviruksen avulla vierasta proteiinia solun tumaan muokkaa varmaan sitä tumaa.

Ihmehän se olisi jossei siitä jotain seuraisi, noin kolmannes  ihmis-solun geeneistä oletetaan olevan virusperäisiä.
Isompaan huoleen ei liene aihetta, onhan sitä tähänkin asti luonto toiminut kohtuullisen hyvin ja ihmis-ikäkin lähinnä noussut.
Ja joo nuo kirjain-yhdistelmät sekoittuvat toisinaan ihan "itsekseen".

Kaikkia ei kuitenkaan rokoteta tuolla adenovirusmenetelmällä joka on käytössä AZ:ssa, Sputnikissa ja J&J:ssa. Pfizer ja Moderna ovat RNA-rokotteita. Ja olen siinä ymmärryksessä, by netti, että tuo RNA ei sotkeudu ihmisen perimään. 

Olen vähän ihmetellyt että miksi se adenovirus edes otettiin käyttöön, kun muistikuvani mukaan sen kanssa oli aiemminkin ollut ongelmia kun oli yritetty rokottein parantaa oliko vallan syöpää (joku tiedejuttu kerran televisiossa asiasta).

[Karikko]

Perimän manipuloinnilla? Enpä ole kuullut että rokotteen vaikutukset periytyisivät myöhemmin syntyville lapsillekin.

Miljardien ihmisten rokottaminen tuolla uudella tavalla, joka vie adenoviruksen avulla vierasta proteiinia solun tumaan muokkaa varmaan sitä tumaa.

Ihmehän se olisi jossei siitä jotain seuraisi, noin kolmannes  ihmis-solun geeneistä oletetaan olevan virusperäisiä.
Isompaan huoleen ei liene aihetta, onhan sitä tähänkin asti luonto toiminut kohtuullisen hyvin ja ihmis-ikäkin lähinnä noussut.
Ja joo nuo kirjain-yhdistelmät sekoittuvat toisinaan ihan "itsekseen".

Kaikkia ei kuitenkaan rokoteta tuolla adenovirusmenetelmällä joka on käytössä AZ:ssa, Sputnikissa ja J&J:ssa. Pfizer ja Moderna ovat RNA-rokotteita. Ja olen siinä ymmärryksessä, by netti, että tuo RNA ei sotkeudu ihmisen perimään. 

Olen vähän ihmetellyt että miksi se adenovirus edes otettiin käyttöön, kun muistikuvani mukaan sen kanssa oli aiemminkin ollut ongelmia kun oli yritetty rokottein parantaa oliko vallan syöpää (joku tiedejuttu kerran televisiossa asiasta).

Kukapa tuonkaan niin kovin tarkasti tietäisi?

Ovathan ne virukset tähänkin asti tuoneet oman lisänsä ihmisenkin soluun- ei kai sekään ole päättynyt.

Jonkunlainen ihmiskoe tämä nyt varmaan on ja sen seurauksista riittänee tulevaisuudessa paljon aihetta.

Vaikka genomi "tunnetaan, ei sen toiminnasta kaikkea tiedetä.

[Jaska]

Perustieto neljästä Euroopassa myyntiluvan saaneesta rokotteesta löytyy sivulta
https://www.terveyskirjasto.fi/dlk01284 
Vaikutusmekanismi, teho, haittavaikutukset jne.

[Jaska]

100 000 vahvistetun koronatartunnan määrä Suomessa on saavutettu. Kahden viikon tartuntojen määrä (3 693) on 73% suurempi kuin edellisellä kahden viikon jaksolla.

[a4]

EU-ALUEEN koronatartuntojen määrään on odotettavissa jyrkkä kasvu elokuun alkuun mennessä, varoittaa Euroopan tautienehkäisy- ja valvontakeskus ECDC. Keskuksen mukaan tartuntojen määrä voi viisinkertaistua nykyisestä.

Rokotukset estävät kuolemia
Myös sairaalahoitoon joutuvien ja koronaan liittyvien kuolemien määrän odotetaan kohoavan unionissa, vaikkakin hitaammin. Näiden lukujen nousua hillitsee ECDC:n mukaan rokotusten eteneminen.
https://www.is.fi/ulkomaat/art-2000008130816.html